Olá,

Há pouco descobri uma ferramenta que me ajudou a resolver um problema de replicação entre dois controladores de domínio. É a ferramenta da Microsoft DCDIAG. Trata-se de uma ferramenta de linha de comando que faz analise dos controladores de domínio de uma floresta. No meu caso, como o problema relaciona-se a replicação utilizei o seguinte teste:

Dcdiag /test:Replications

Esse teste me mostrou erros específicos que pude avaliar e corrigir no meu domínio para que a replicação voltasse a ocorrer normalmente. O Dcdiag também possui outros testes interessantes como: registro de DNS dos servidores (Connectivity), serviço de Logon (NetLogons), serviço FSMO (FsmoCheck), etc.
Essa ferramenta pode ser baixada gratuitamente da área de downloads da Microsoft (http://www.microsoft.com/downloads).